Use of laboratory methodologies to confirm an outbreak of acute diarrheal disease caused by multiple pathogens / Uso de metodologias laboratoriais para confirmação de surto de doença diarreica aguda causada por múltiplos patógenos

The aim of this study was to investigate an outbreak caused by protozoa, which occurred in a municipality in the Brazil southern region. The investigations were carried out analyzing 47 fresh stool samples and 26 water samples by parasitological and molecular methods, as well as, direct immunofluorescence. After the filtrations of water samples and purification of stool samples, the concentrates were evaluated microscopically for presence of parasites. Molecular analyses were performed by polymerase chain reaction (PCR) for DNA detection of Giardia spp., Cryptosporidium parvum, C. hominis and Cyclospora cayetanensis. Out of 26 water samples, 30.8% (8/26) had waterborne protozoa and C. cayetanensis was the most prevalent (15.5%). Out of the 47 stool samples, 23.4% (11/47) were infected with C. cayetanensis and Giardia spp. The results showed that backwash water samples from filters of the Water Treatment Station were contaminated with C. cayetanensis, C. hominis and Giardia spp., suggesting the contamination of water sources with human waste brought by sewage. These results show the importance of protozoa investigation in water and stool samples by laboratory methodologies principally in outbreaks causing acute diarrheal disease (AU).

O objetivo do presente estudo foi investigar um surto causado por protozoários, ocorrido em um município da região sul do Brasil. As investigações foram realizadas analisando 47 amostras de fezes frescas e 26 amostras de água por métodos parasitológicos, moleculares e de imunofluorscência direta. Após as filtrações das amostras de água e purificação das amostras de fezes, os concentrados foram avaliados microscopicamente a procura de parasitas. A seguir, foram analisadas, pela reação em cadeia da polimerase (PCR), a detecção de DNA de Giardia spp., Cryptosporidium parvum, C. hominis e Cyclospora cayetanensis. Das 26 amostras de água, 30,8% (8/26) apresentaram protozoários de veiculação hídrica, sendo que, C. cayetanensis foi o mais prevalente (15,5%). Das 47 amostras de fezes, 23,4% (11/47) estavam infectadas por C. cayetanensis e Giardia spp. Os resultados mostraram que as águas de retrolavagem dos filtros da Estação de Tratamento de Água estavam contaminadas com C. cayetanensis, C. hominis e Giardia spp. sugerindo a contaminação dos mananciais com dejetos humanos trazidos pelo esgoto. Estes resultados mostram a importância da investigação de protozoários em água e fezes por metodologias laboratoriais, principalmente em surtos que causam doença diarreica aguda (AU).

Determination of the viability of Toxoplasma gondii oocysts by PCR real-time after treatment with propidium monoazide.

This study aimed to investigate a methodology for discriminating viable and non-viable T. gondii oocysts in water. Analyses included two steps: (i) microscopic investigation with vital dyes; (ii) molecular investigation, using a real time PCR (qPCR), after parasite treatment (or not) with propidium monoazide (PMA). The method was called qPCR-PMA. Oocyst aliquots were incubated (15 min) at 25 ºC or 100 ºC and analyzed by microscopy, after trypan blue and neutral red staining. Microscopic investigation determined viable and non-viable oocysts. For the molecular investigation, both aliquots of oocysts were treated with PMA. Non-viable oocysts, after PMA treatment, exhibited an inhibition of DNA amplification by qPCR. Although analyses were carried out with oocysts treated experimentally, these results suggest that qPCR-PMA can be a useful strategy to distinguish viable and non-viable T. gondii oocysts in water safety testing, showing if water is safe to drink.

NEOTROPICAL CARNIVORES: a data set on carnivore distribution in the Neotropics.

Mammalian carnivores are considered a key group in maintaining ecological health and can indicate potential ecological integrity in landscapes where they occur. Carnivores also hold high conservation value and their habitat requirements can guide management and conservation plans. The order Carnivora has 84 species from 8 families in the Neotropical region: Canidae; Felidae; Mephitidae; Mustelidae; Otariidae; Phocidae; Procyonidae; and Ursidae. Herein, we include published and unpublished data on native terrestrial Neotropical carnivores (Canidae; Felidae; Mephitidae; Mustelidae; Procyonidae; and Ursidae). NEOTROPICAL CARNIVORES is a publicly available data set that includes 99,605 data entries from 35,511 unique georeferenced coordinates. Detection/non-detection and quantitative data were obtained from 1818 to 2018 by researchers, governmental agencies, non-governmental organizations, and private consultants. Data were collected using several methods including camera trapping, museum collections, roadkill, line transect, and opportunistic records. Literature (peer-reviewed and grey literature) from Portuguese, Spanish and English were incorporated in this compilation. Most of the data set consists of detection data entries (n = 79,343; 79.7%) but also includes non-detection data (n = 20,262; 20.3%). Of those, 43.3% also include count data (n = 43,151). The information available in NEOTROPICAL CARNIVORES will contribute to macroecological, ecological, and conservation questions in multiple spatio-temporal perspectives. As carnivores play key roles in trophic interactions, a better understanding of their distribution and habitat requirements are essential to establish conservation management plans and safeguard the future ecological health of Neotropical ecosystems. Our data paper, combined with other large-scale data sets, has great potential to clarify species distribution and related ecological processes within the Neotropics. There are no copyright restrictions and no restriction for using data from this data paper, as long as the data paper is cited as the source of the information used. We also request that users inform us of how they intend to use the data.

Drivers of change in biodiversity and ecosystem services in the Cantareira System Protected Area: A prospective analysis of the implementation of public policies / Agentes de mudança na biodiversidade e serviços ecossistêmicos na APA Sistema Cantareira: Uma análise prospectiva da implementação de políticas públicas

Abstract: The lack of implementation of well-designed public policies aimed at the conservation of natural ecosystems has resulted, at a global level, in the decline of ecosystem functioning and, consequently, of the contributions they make to people. The poor enforcement of important environmental legislation in Brazil - for instance, the "Atlantic Forest Law" (Law n.11.428/2006) and the "Forest Code" (Law n.12.651/2012) - could compromise the overall maintenance of ecosystems and the services they provide. To explore the implications of different levels of federal laws' enforcement within the Cantareira System Protected Area (PA) - a PA in southeastern Brazil that provides fresh water for 47% of the Sao Paulo Metropolitan Area -, we developed a conceptual framework to identify indirect and direct drives of biodiversity and ecosystem changes. We also projected four land-use scenarios to 2050 to test the effects of deforestation control and forest restoration practices on biodiversity and ecosystem services maintenance: the "business-as-usual" scenario (BAU), which assumes that all trends in land-use cover changes observed in the past will continue in the future, and three alternative exploratory scenarios considering the Atlantic Forest Law implementation, the partial implementation of the Forest Code and the full implementation of the Forest Code. Using the land-use maps generated for each scenario, we assessed the impacts of land-use changes on biodiversity conservation and soil retention. Our results revealed all alternative scenarios could increase biodiversity conservation (by 7%; 12%; and 12%, respectively), reduce soil loss (by 24.70%; 34.70%; and 38.12%, respectively) and sediment exportation to water (by 27.47%; 55.06%; and 59.28%, respectively), when compared to the BAU scenario. Our findings highlight the importance of restoring and conserving native vegetation for the maintenance and improvement of biodiversity conservation and for the provision of ecosystem services.

Resumo: A falta de implementação de políticas públicas voltadas para a conservação ambiental, tem resultado, em nível global, em impactos sobre a biodiversidade e o funcionamento dos ecossistemas e, consequentemente, na contribuição da natureza para as pessoas. A aplicação inadequada de importantes de leis ambientais no Brasil, como por exemplo, a "Lei da Mata Atlântica" (Lei nº 11.428 / 2006) e o "Código Florestal" (Lei nº 12.651 / 2012), podem comprometer a manutenção dos ecossistemas e dos serviços que eles fornecem. Neste estudo, nós desenvolvemos um mapa conceitual que busca identificar causas diretas e indiretas de mudanças - agentes de mudança - na biodiversidade e na provisão de serviços ecossistêmicos relacionados ao solo e à água, na Área de Proteção Ambiental (APA) Sistema Cantareira. A APA Sistema Cantareira, localizada no sudeste do Brasil, fornece água potável para 47% da Região Metropolitana de São Paulo. Além da abordagem conceitual, nós projetamos quatro cenários de mudança no uso da terra para o ano de 2050, a fim de analisar o impacto de diferentes níveis de aplicação de leis federais: o cenário "business-as-usual" (BAU), que pressupõe que as tendências na mudança de uso da terra observadas no passado continuarão no futuro, e três cenários alternativos, considerando a implementação da Lei da Mata Atlântica, a implementação parcial do Código Florestal e a implementação completa do Código Florestal. A partir dos mapas de uso da terra gerados, avaliamos os impactos de cada cenário na conservação da biodiversidade, na retenção de solos e na exportação de sedimentos para os corpos d'água. Nossos resultados mostraram que os três cenários alternativos podem aumentar a conservação da biodiversidade (em 7%; 12%; e 12%, respectivamente), reduzir a perda de solo (em 24,70%; 34,70%; e 38,12%, respectivamente) e reduzir a exportação de sedimentos para a água (em 27,47 %; 55,06%; e 59,28%, respectivamente), quando comparados ao cenário BAU. Este estudo destaca a importância da restauração e conservação da vegetação nativa para a manutenção da biodiversidade e melhoria na provisão de serviços ecossistêmicos relacionados ao solo e à água, em uma região estratégica para o abastecimento de água no Brasil.

Neotropical carnivores: a data set on carnivore distribution in the Neotropics

Mammalian carnivores are considered a key group in maintaining ecological health and can indicate potential ecological integrity in landscapes where they occur. Carnivores also hold high conservation value and their habitat requirements can guide management and conservation plans. The order Carnivora has 84 species from 8 families in the Neotropical region: Canidae; Felidae; Mephitidae; Mustelidae; Otariidae; Phocidae; Procyonidae; and Ursidae. Herein, we include published and unpublished data on native terrestrial Neotropical carnivores (Canidae; Felidae; Mephitidae; Mustelidae; Procyonidae; and Ursidae). NEOTROPICAL CARNIVORES is a publicly available data set that includes 99,605 data entries from 35,511 unique georeferenced coordinates. Detection/non‐detection and quantitative data were obtained from 1818 to 2018 by researchers, governmental agencies, non‐governmental organizations, and private consultants. Data were collected using several methods including camera trapping, museum collections, roadkill, line transect, and opportunistic records. Literature (peerreviewed and grey literature) from Portuguese, Spanish and English were incorporated in this compilation. Most of the data set consists of detection data entries (n = 79,343; 79.7%) but also includes non‐detection data (n = 20,262; 20.3%). Of those, 43.3% also include count data (n = 43,151). The information available in NEOTROPICAL CARNIVORES will contribute to macroecological, ecological, and conservation questions in multiple spatio‐temporal perspectives. As carnivores play key roles in trophic interactions, a better understanding of their distribution and habitat requirements are essential to establish conservation management plans and safeguard the future ecological health of Neotropical ecosystems. Our data paper, combined with other largescale data sets, has great potential to clarify species distribution and related ecological processes within the Neotropics. There are no copyright restrictions and no restriction for using data from this data paper, as long as the data paper is cited as the source of the information used. We also request that users inform us of how they intend to use the data.

Percepção do exame micológico pelos dermatologistas no Brasil: avaliação da necessidade de novos métodos diagnósticos para onicomicose / Perception of mycological examination by dermatologists in Brazil: assessment of the need for new diagnostic methods for onychomycosis

Fundamentos: Onicomicose é definida como a infecção fúngica da placa ungueal, sendo responsável por cerca de 40% de todas as patologias ungueais. É uma afecção importante pelo aumento da incidência nas últimas décadas e pelo dano que acarreta ao indivíduo, com prejuízo na auto-estima e diminuição da capacidade funcional. É considerada como a micose superficial mais difícil de diagnosticar e tratar, apesar do amplo conhecimento de seus agentes etiológicos e do desenvolvimento da terapia antifúngicos. Objetivos: Conhecer a rotina e a opinião dos dermatologistas quanto ao uso do exame micológico para o diagnóstico da onicomicose na sua prática clínica. Métodos: Um questionário contendo 12 questões fechadas foi entregue a todos os participantes da Conferência: "O que há de novo em onicomicoses", durante a 17ª Reunião Anual dos Dermatologistas do Estado de São Paulo (RADESP), totalizando 255 entrevistados. Resultados: Em nosso estudo, 92% dos entrevistados atendem pelo menos 10 pacientes com doença ungueal por mês. A grande maioria (82% dos entrevistados) não realiza exame micológico no consultório e os principais motivos assinalados foram: falta de equipamentos (76%), tempo para realizar o procedimento (50%) e ausência de cobertura pelos convênios (38%). Apenas 11% dos entrevistados afirmaram não sabe realizar o exame. A grande maioria concorda com a necessidade de um método diagnóstico alternativo para onicomicose (99% dos entrevistados). 7 Conclusão: Poucos dermatologistas realizam exame micológico no próprio consultório, referindo falta de equipamentos, falta de tempo e pagamento pelos convênios como fatores limitantes. O exame micológico parece ser pouco solicitado frente à suspeita de onicomicose e os dermatologistas tendem a tratar pacientes mesmo com exames negativos, o que pode refletir uma baixa confiabilidade nos exames recebidos. O dermatologista entende ser necessário um método alternativo, prático e de baixo custo para o diagnóstico da onicomicose. O dermatoscópio parece ser bastante acessível a maior parte dos dermatologistas e pode ser uma alternativa viável para o diagnóstico